1949年10月1日中华人民共和国建立时，设立阜阳专区专员公署，下辖八县一个行政办事处。阜阳专区有界首市、亳县、太和县、阜阳县、涡阳县、蒙城县、颍上县、阜南县、临泉县和凤台县。县、市以下划分区（镇）。区以下划分乡（镇）。乡（镇）以下为行政村。
1953年9月，界首市撤销，建界首县。阜阳专区其它县区划未变。
1964年10月，建立利辛县。其辖地包括由阜阳县划出的4个区，由蒙城县划出的1个区，由涡阳县划出的3个区和由凤台县划出的2个区。
1971年改阜阳专区为阜阳地区。
1975年12月19日国务院批准设立阜阳市（县级），以阜阳县的阜阳镇和部分为其行政区域，由阜阳地区管辖，阜阳地区驻阜阳市。
1977年1月，凤台县由阜阳地区划归淮南市管辖。
1986年3月11日，国务院【国函39号】批复撤销亳县，设立亳州市（县级）。以原亳县的行政区域为亳州市的行政区域。亳州市由阜阳地区领导。（1986年6月4日正式成立）
1992年，同意撤销阜阳市、阜阳县，重新组建阜阳市（县级），以原阜阳市和阜阳县的行政区域为新的阜阳市的行政区域，其政府驻地不变。（1992年11月20日民政部【民行批152号】批复）
1996年1月，撤销阜阳地区和县级阜阳市，设立地级阜阳市。
1998年2月，亳州市从阜阳市划出，由安徽省直辖。
2000年5月11日，国务院【国函〔2000〕47号】批复，2000年6月1日安徽省人民政府【皖政秘100号】通知：撤销县级亳州市，设立地级亳州市。亳州市人民政府驻新设立的谯城区。亳州市设立谯城区，以原县级亳州市的行政区域为谯城区的行政区域。谯城区人民政府驻文化巷。将阜阳市管辖的涡阳县、蒙城县、利辛县划归新设立的地级亳州市管辖。亳州市辖涡阳县、蒙城县、利辛县和新设立的谯城区。